ในช่วงวิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2556–2557 นายสมเกียรติเป็นผู้หนึ่งที่ออกมาร่วมชุมนุมต่อต้านรัฐบาล น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร โดยก่อนหน้าที่จะมีการชุมนุมไม่นาน เจ้าตัวได้กล่าวคำขอโทษพรรคประชาธิปัตย์ ซึ่งในอดีตเคยกล่าวพาดพิงถึงพรรคในทางที่เสียหาย ผ่านทางสถานีโทรทัศน์เอเอสทีวีที่กำลังถ่ายทอดสดอยู่[3]

ในวันที่ 13 มกราคม พ.ศ. 2557 ที่ทางกปปส. (คณะกรรมการประชาชนเพื่อการเปลี่ยนแปลงประเทศไทยให้เป็นประชาธิปไตยที่สมบูรณ์อันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข) ได้จัดการชุมนุมแบบปิดแยกสำคัญ ๆ ในกรุงเทพมหานครทั้งหมด 7 แห่ง โดยแยกออกเป็นเวทีต่าง ๆ 8 เวที ผศ.สมเกียรติก็ได้เป็นผู้รับผิดชอบเวทีที่แจ้งวัฒนะ ซึ่งเป็นอีกหนึ่งเวทีที่เป็นเวทีแยกต่างหากจากเวทีที่มีพระพุทธะอิสระเป็นผู้ดูแลอีกด้วย[4] (แต่ต่อมาไม่นาน เวทีทั้งสองนี้ก็ได้ยุบรวมเป็นเวทีเดียว เพื่อความปลอดภัย[5])

ต่อมาในวันที่ 18 กุมภาพันธ์ ปีเดียวกัน ที่ทางเจ้าหน้าที่ตำรวจได้รุกคืบพื้นที่ชุมนุมเข้ามาเพื่อขอคืนพื้นที่ที่เชิงสะพานผ่านฟ้าลีลาศ ได้มีการปะทะกันด้วยความรุนแรง ผศ.สมเกียรติได้ถูกเจ้าหน้าที่ตำรวจจับกุมตัวขึ้นรถควบคุมผู้ต้องหาแล้ว แต่ได้ถูกกลุ่มชายลึกลับกลุ่มหนึ่งบุกเข้ามาช่วยออกมาได้ โดยใช้เวลาเพียง 2 นาทีเท่านั้น ซึ่งเจ้าตัวเชื่อว่าชายกลุ่มดังกล่าวต้องเป็นผู้ที่ได้รรับการฝึกทางยุทธวิธีมาเป็นอย่างดี[6]

ต่อมาในวันที่ 14 พฤษภาคม ปีเดียวกัน จากการชุมนุมในครั้งนี้ ศาลอาญาอนุมัติหมายจับแกนนำ กปปส. รวม 43 คน ผู้ต้องหาคดีกบฏ และความผิดอื่น รวม 8 ข้อหา เพื่อติดตามตัวมาดำเนินกระบวนการตามกฎหมาย นายสมเกียรติมีรายชื่อเป็นผู้ต้องหาหมายเลขที่ 15[7] [8]

ต่อมาวันที่ 19 มิถุนายน พ.ศ. 2560 ศาลอุทธรณ์มีคำสั่งให้ออกหมายจับเขา[9]